La plateforme de bioinformatique / biostatistiques répond aux besoins des équipes du laboratoire et de la communauté scientifique des campus Santé et Sciences dans le cadre de collaborations transversales. Ses principaux domaines de compétences sont :
- l’analyse de données omiques (transcriptomes, protéomes, méthylomes, épigénomes, métabolomes, exomes, génomes),
- le multi-omique, la biologie des systèmes et la génomique intégrative,
- les pipelines d’analyses automatiques,
- la génétique des populations,
- l’analyse de données de cytométrie en flux et de cytométrie de masse,
- les transcriptomes en single-cell RNAseq.
Pipelines, outils et workflows sont spécifiques à chaque type omique, la technologie de mesure (puce, NGS, spectrométrie de masse) et ses limitations, et l’origine des données (expérimentale, jeux de données publiques, méta-analyses). Nous développons et proposons un large panel d’approches discriminantes/supervisées et d’approches sans à priori/non supervisées.
Contact
Equipe
Sébastien Hergalant
Ingénieur INSERM, responsable équipe et plateforme
Ghislain Fiévet
Ingénieur CDD, développement sur projets
Romain Piucco
Doctorant, ingénieur (MIGB)
Ramia Safar
Ingénieur UL, plateforme de génomique
Pierre Rouyer
Technicien UL, contrôles qualité, pipelines
L’équipe assure un rôle de soutien aux chercheurs :
- dans l’élaboration de leurs projets,
- dans leurs demandes de financements, en rédigeant et détaillant les méthodes et les analyses bioinformatiques et statistiques envisagées,
- en orientant la mise au point et le design des expérimentations,
- en leur fournissant les moyens matériels, les ressources et les compétences nécessaires,
- en développant des outils, protocoles et approches produisant des résultats reproductibles.
Activites pedagogiques
Nous encadrons et accompagnons des étudiants de tous niveaux à partir du L3, biologistes, informaticiens, et internes de médecine et pharmacie. Nous accueillons également doctorants et post-doctorants.
Nous organisons des formations aux analyses omiques, aux analyses de données NGS, aux contrôles qualités, à R (tous niveaux), aux biostatistiques, à bash (manipulation tous niveaux, administration système) et linux (scripting, automatisation).
INFRASTRUCTURES
Le cluster de calcul haute performance s’articule autour d’une infrastructure de serveurs et systèmes alimentant le plateau technique de bioinformatique, avec des espaces de travail partagés et accessibles en haute disponibilité.
Le cluster inclut 5 serveurs linux et 6 baies de disques, avec plus de 200 cœurs de calcul, 5 To de mémoire et 300 To de données. Les infrastructures de stockage sont partagées et font partie du Bio Data Center du laboratoire.
