Créée en 2012, la plateforme de Génomique Fonctionnelle s’appuie sur les compétences de l’UMR1256 n-GERE en matière de séquençage NGS des patients atteints de maladies rares.
La plateforme met à disposition de la communauté scientifique, académique et industrielle des outils de haute technologie adaptée aux projets de :
- Génotypage haut débit sur puces BeadChip Infinium Illumina.
- Etude de la méthylation du génome humain sur puces Infinium Methylation EPIC-Illumina.
- Préparation et séquençage NGS de librairies d’ADN (séquenceur MiSeq-Illumina, prochainement NextSeq 550-Illumina).
- Analyse bioinformatique des données omiques.
cONTACT
Services
L’essai Infinium HD (Illumina) permet de réaliser des études de génotypage et/ou des analyses de variation du nombre de copies (CNV). La technique permet, selon le type de puce, le génotypage de SNPs de 3000 à plus de 5 millions de loci et ceci chez différentes espèces.
La plateforme propose également de réaliser l’analyse bioinformatique partielle ou complète des données.
La plateforme offre des services de séquençage haut débit de l’ADN par la technologie Illumina (séquenceur MiSeq et prochainement NextSeq 550).
Nous proposons un accompagnement scientifique et technique pour le choix de la stratégie de préparation de librairies le mieux adapté à vos besoins (panels de gènes ciblés, séquençage de génomes entiers (micro-organismes et prochainement génomes entiers des organismes supérieurs)).
L’analyse pangénomique de la méthylation de l’ADN humain est réalisée sur biopuce Infinium Methylation EPIC (Illumina).
Cette analyse permet la mesure quantitative de la méthylation des résidus cytosine de plus de 850 000 sites CpG grâce à un essai de génotypage en multiplex sur de l’ADN génomique (gDNA) converti au bisulfite de sodium. L’échelle de traitement et de 8 échantillons par biopuce.
La plateforme propose également de réaliser l’analyse bioinformatique partielle ou complète des données.
Equipe
Jean-Louis Guéant
Responsable de Plateforme, PU-PH
Ramia Safar Alsaied
Responsable opérationnelle UL, Ingénieure
Abderrahim Oussalah
PU-PH
Pierre Rouyer
Technicien
Equipements
